میاستنی گذرای نوزادی در 10 تا 15 درصد نوزادان متولد شده از مادران مبتلا به میاستنی خودایمنی اتفاق می افتد. در چند روز اول پس از زایمان، گریه و شیر مکیدن نوزاد ضعیف است، نوزاد به طور کلی ضعیف به نظر می رسد و گاهی اوقات نیاز به ونتیلاتور دارد. آنتی بادی های مادر که از طریق جفت به نوزاد منتقل شده اند عامل میاستنی گذرای نوزادی هستند که با جایگزین شدن آنتی بادیهای نوزاد با این آنتی بادی ها، علائم به تدریج ناپدید می شود و ظرف مدت چند هفته پس از تولد، نوزاد به شرایط طبیعی می رسد. نوزادانی که دارای ضعف شدید ناشی از میاستنی گذرای نوزادی هستند ممکن است با پیریدوستیگمین خوراکی و هرگونه پشتیبانی کلی دیگر (مانند دستگاه تنفس مصنوعی) تا زمانی که آنتی بادی ها از بدن خارج شوند، تحت درمان قرار گیرند. کودکان دارای میاستنی گذرای نوزادی، هیچگونه ریسک بالای علائم دراز مدت میاستنی و یا ابتلا به ام جی در آینده را ندارند.